1.单一用药：即一种药物从1日龄起一直用到上市前停药期限为止。这种用药方法优点是简单易操作，饲料混合错误的危险性低，缺点是经常使用一种药物轻易造成球虫产生抗药性。
2.穿梭用药：即在肉鸡不同的生长阶段分别使用不相同的抗球虫药，一般在雏鸡阶段使用抗生素类抗球虫药如莫能霉素、盐霉素，大鸡阶段使用化学合成类抗球虫药如尼卡巴嗪、地克珠利。这种用药办法能够有效地杀死大部分球虫，减少卵囊排出和鸡舍污染，让鸡只达到较佳的生产水平。但生产中应注意前后几批肉鸡不能连续使用同样的药物进行穿梭用药，以免球虫反复遇到同种药物而产生抗药性。
3.轮换用药：即一种抗球虫药连续使用几个月，一般饲养2～3批肉鸡后再换另一种抗球虫药。这种用药办法能够避免长期单一用药而产生抗药性虫株，但要注意更换的抗球虫药在化学组成上不能属于同一类型，以免产生交叉抗药性，一般在使用抗生素类抗球虫药之后再换用一种化学合成类抗球虫药。
4.综合用药：即将穿梭用药与轮换用药结合起来，在肉鸡生长前期添加一种药物，后期则添加另一种药物。这样饲养2～3批肉鸡后，在随后的2～3批肉鸡再用另外两种作用方法不一样的药物。这种用药方法球虫较难产生抗药性，但要准备多种抗球虫药。
5.混合用药：即在一个饲养周期中同时使用两种或两种以上的抗球虫药，通过药物间的协同作用来延缓抗药虫株的产生。但实际效果则取决于药物之间是不是有协同作用和球虫对这些药物是否已产生抗药性。如果两种药物之间没有协同作用或者球虫已对其中的一种药物产生抗药性，那么这种方法效果就不一定显著而且还会增加成本。
1.搞好卫生工作，提高药物的防治效果：做好鸡舍和环境的卫生和消毒工作，保证鸡舍通风良好，地面保持干燥，粪便及时清扫，鸡粪和垫料做堆积发酵处理。这些日常工作虽然是老生常谈，但却是预防球虫病，提高药物防治效果最重要的。
2.掌握药物作用的峰期，适时应用药物：抗球虫药的作用峰期是指抗球虫药对球虫作用最强的作用时间。由于不同的抗球虫药作用球虫生长的阶段不同，所以其作用峰期也不同。正常的情况，作用峰期为感染后1～2天的抗球虫药作用弱，大多数都用在预防给药，如克球粉、莫能霉素、氯羟吡啶等药物；作用峰期为感染后第四天的药物，一般抗球虫作用较强，在临床上主要作为治疗应用，如尼卡巴嗪、呋喃类等药物。
3. 严格用药剂量，防止药物中毒：由于某些市售抗球虫药的实际剂量不足以及抗药性的存在，使一些养鸡户在使用抗球虫药时往往因达不到预期效果而盲目加大剂量，再加上饲料工艺流程中也许会出现的抗球虫药混合不均匀，在生产中就有可能会出现药物中毒的现象。
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